Sekretariat dipimpin oleh Sekretaris yang mempunyai tugas membantu Kepala Badan dalam mengoordinasikan kegiatan, memberikan pelayanan teknis dan administrasi penyusunan program, pelaporan, umum, kepegawaian, dan keuangan dalam lingkungan Badan.

Untuk melaksanakan tugas sebagaimana diatas, Sekretaris mempunyai fungsi:

1. 1. pengoordinasian pelaksanaan tugas dalam lingkungan Badan;
   2. pengoordinasian penyusunan program dan pelaporan;
   3. pengoordinasian urusan umum dan kepegawaian;
   4. pengoordinasian pengelolaan administrasi keuangan;
   5. pelaksanaan tugas kedinasan lain sesuai bidang tugasnya.

Adapun tugas Sekretaris Badan Pendapatan Daerah, meliputi:

1. 1. menyusun rencana kegiatan Sekretariat sebagai pedoman dalam pelaksanaan tugas;
   2. mendistribusikan dan memberi petunjuk pelaksanaan tugas;
   3. memantau, mengawasi dan mengevaluasi pelaksanaan tugas dalam lingkungan Sekretariat untuk mengetahui perkembangan pelaksanaan tugas;
   4. menyusun rancangan, mengoreksi, memaraf dan/atau menandatangani naskah dinas;
   5. mengikuti rapat-rapat sesuai dengan bidang tugasnya;
   6. mengoordinasikan pelaksanaan kegiatan dalam lingkungan Badan sehingga terwujud koordinasi, sinkronisasi dan integrasi pelaksanaan kegiatan;
   7. mengoordinasikan dan melaksanakan penyusunan perencanaan, pengendalian, dan evaluasi serta pelaporan kinerja dan pelaporan keuangan;
   8. mengoordinasikan dan melaksanakan pelayanan administrasi umum dan kepegawaian;
   9. mengoordinasikan dan melaksanakan pelayanan ketatausahaan;
   10. mengoordinasikan dan melaksanakan urusan rumah tangga Badan;
   11. melaksanakan dan mengoordinasikan pelayanan administrasi keuangan;l.melaksanakan dan mengoordinasikan administrasi pengadaan, pemeliharaan dan penghapusan barang;
   12. mengoordinasikan dan memfasilitasi kegiatan organisasi dan tatalaksana;n.mengoordinasikan dan melaksanakan pengelolaan kearsipan;
   13. mengoordinasikan dan melaksanakan kegiatan kehumasan dan keprotokolan;
   14. mengoordinasikan dan melaksanakan pembinaan dan penegakan kode etik pegawai Aparatur Sipil Negara;
   15. mengoordinasikan dan melaksanakan pengumpulan, pengolahan dan penyajian data dan informansiserta fasilitasi pelayanan informasi;
   16. melaksanakan pengadaan blanko dokumen administrasi pemungutan pajak dan retribusi;
   17. melaksanakan pengelolaan administrasi dan pertanggungjawaban penggunaan dokumen administrasi pemungutan pajak dan retribusi;
   18. melaksanakan koordinasi dan konsultasi dengan lembaga pemerintah dan lembaga nonpemerintahdalam rangka mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi Badan;
   19. menilai kinerja pegawai Aparatur Sipil Negara sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan;
   20. menyusun laporan hasil pelaksanaan tugas Sekretaris dan memberikan saran pertimbangan kepada atasan sebagai bahan perumusan kebijakan; danr.melaksanakan tugas kedinasan lain yang di perintahkan atasan sesuai dengan bidang tugasnya.